La Unidad La Paz es una Unidad Foránea del CICESE cuya creación fue aprobada en el año 2002 por el Órgano de Gobierno del Centro. Inició operaciones en 1996, como proyecto de la Dirección General.
La Unidad La Paz del CICESE tiene como misión expandir las actividades de investigación y docencia en las distintas áreas de competencia del Centro mediante la realización de proyectos de investigación y la formación de recursos humanos por parte de su personal, y mediante el apoyo y colaboración a proyectos de las divisiones y departamentos del CICESE.
Actualmente cuenta en total con 13 investigadores incluyendo seis investigadores contratados por el CICESE, cuatro investigadores catedráticos, dos investigadores por convenio, y un investigador asociado. El quehacer científico de toda la Unidad La Paz se integra en una problemática denominada Riesgos y Peligros Naturales, que atiende a las demandas actuales sobre sismos y ciclones tropicales, así como al estudio de procesos oceanográficos y ecológicos, y sus efectos en la integridad ecológica de los ecosistemas marinos, la biodiversidad y espacios naturales del noroeste de México. Estas líneas de investigación se desarrollan por seis laboratorios o grupos de investigación: Oceanografía Tropical, Ciencias de la Tierra, Meteorología Tropical, Macroecología Marina, Aeroecología Marina, y Biología de la Conservación.
La unidad foránea del CICESE en La Paz, Baja California Sur, inició actividades en julio de 1996 con el objetivo de extender la investigación de los distintos departamentos de este centro hacia el sur de la península de Baja California, así como proporcionar apoyo logístico a proyectos existentes en el CICESE.
Fue fundada por el Dr. Armando Trasviña Castro, el M.C. Modesto Ortiz Figueroa y el M.C. Arturo Cruz Falcón, los dos primeros investigadores de la División de Oceanología, mientras que el último era investigador de la División de Ciencias de la Tierra, por lo que los primeros proyectos se desarrollaron en el área de oceanografía física y el estudió de problemas regionales asociados a la actividad sísmica.